基金会的组织结构以《章程》为基础，形成了三个层次。

第一层次是理事会。

第二层次是理事会下设机构秘书处，负责日常事务的开展和执行。

第三层次是秘书处下设的职能部门，即：项目部、财务部、综合部。

项目部：负责项目管理、协议签署，联系、服务捐赠人；奖助项目的评审发放；项目反馈工作等。

财务部：负责基金会财务工作。

综合部：负责宣传及媒体工作；负责公章、法人登记证书管理；负责基金会理事会工作、资产管理等。